Nhóm Conan được Sonoko mời tham dự chuyến ra khơi đầu tiên của chiếc du thuyền Aphroditesang trọng thuộc sở hữu của tập đoàn tài phiệt Yashiro. Tuy nhiên, một vụ án mạng đã xảy ra trên tàu, Chủ tịch tập đoàn Yashiro cũng biến mất! Conan cùng Phòng điều tra tội phạm số 1 của Sở Cảnh sát và ông Mori bắt đầu điều tra độc lập nhưng… Mở màn cuộc đại chiến suy luận trên Thái Bình Dương!